در این باره دو دسته آیات و روایات وجود دارد: دسته اول، آیات و روایاتی است که ظاهر آنها وجود غیر مسلمان در حکومت حضرت مهدی عجل الله فرجه الشریف است؛ مانند آیه: « وَ قَالَتِ الْيَهُودُ يَدُ اللَّهِ مَغْلُولَةٌ... وَ أَلْقَيْنَا بَيْنَهُمُ الْعَدَاوَةَ وَ الْبَغْضَاءَ إِلَى يَوْمِ؛ و يهود گفتند : « دست خدا بسته است» ... و قطعاً آنچه از جانب پروردگارت به سوى تو فرود آمده ، بر طغيان و كفر بسيارى از ايشان خواهد افزود ، و تا روز قيامت ميانشان دشمنى و كينه افكنديم »- ﴿المائدة، 64﴾
و مشابه این آیه، درباره مسیحیت نیز آمده است. مقتضای ظاهر این آیات، آن است که دین یهود و مسیحیت، تا قیامت باقی خواهد بود.
از بعضی روایات نیز همین مطلب نتیجه گیری می شود؛ مانند روایت ابوبصیر از امام صادق علیه السلام که می گوید: «به امام صاد علیه السلام گفتم: در دوره حضرت مهدی عجل الله فرجه الشریف با اهل ذمه (یهود و نصارا) چگونه رفتار می شود؟ فرمود: با آنان از سر مسالمت و آشتی رفتار می کند همانگونه که پیامبر با آنان از سر مسالمت رفتار کرد.» - بحار الانوار – ج52 و روایات متعدد دیگر.
دسته دوم آیات و روایاتی است که ظاهر آنها می رساند که در زمان امام مهدی عجل الله فرجه الشریف همه مردم، مسلمان می شوند و هیچ دینی جز اسلام باقی نخواهد ماند؛ مانند آیه: « أَ فَغَيْرَ دِينِ اللَّهِ يَبْغُونَ وَ لَهُ أَسْلَمَ مَنْ فِي السَّمَاوَاتِ وَ الْأَرْضِ طَوْعاً وَ کَرْهاً وَ إِلَيْهِ يُرْجَعُونَ؛ آيا جز دين خدا را مىجويند ؟ با آنكه هر كه در آسمانها و زمين است خواه و ناخواه سر به فرمان او نهاده است ، و به سوى او بازگردانيده مىشوند .» - ﴿آلعمران، 83﴾
از امام کاظم علیه السلام نقل شده است که در تفسیر این آیه فرمود: «این آیه در شان حضرت قائم علیه السلام نازل شده است. وقتی آن حضرت ظاهر شود، دین اسلام را بر یهود و نصارا و صایئان وکفار شرق و غرب عرضه می دارد؛ پس هر کس با میل و اختیار اسلام بیاورد، به نماز و زکات و سایر واجبات، امرش می کند و هر کسی از قبول اسلام امتناع ورزد، گردنش را می زند، تا اینکه در شرق و غرب زمین جز موحد و خدا پرست، کسی باقی نمی ماند... بحار الانوار – ج 52
نیز روایت امام حسن علیه السلام از امیر المومنین علیه السلام نقل می کند: «(مهدی عجل الله فرجه الشریف)، زمین را از دادگری و روشنی و عقل و منطق و دلایل واضح و روشن پر می کند و سر تا سر زمین، تسلیم او می شوند به طوری که هر کافری ایمان می آورد و هر بدکاری، نیکوکار می شود.» - اثبات الهداة – ج3
به دلیل وجود این دو دسته آیات و روایات، بین عالمان و دانشمندان، اختلاف نظر وجود دارد؛ ولی میشود به این شکل اختلاف را حل کرد که بگوییم این دو دسته از آیات و روایات، مربوط به دو دوران از حکومت حضرت مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف است: دسته اول، اشاره به سیره و روش حضرت در ابتدای ظهور دارد و دسته دوم، اشاره به دوره تحکیم و تثبیت حاکمیت حضرت مهدی عجل الله فرجه الشریف.
توضیح اینکه آن حضرت، در ابتدای ظهور، تنها کافرانی را که به ظلم و فساد در زمین مشغولند، سرکوب می کند و از بین می برد؛ ول با کافرانی که از ظلم و جور و فساد دورند و پذیرای حکومت دادگستر آن حضرت هستند، همانند سیره پیامبر اکرم صلوات الله علیه و آله و سلم از سر مسالمت رفتار می کنند و از آنان، جزیه (مالیات اهل کتاب به دولت اسلامی) می گیرد. به تدریج با برقراری عدل و فراگیری آن در سراسر زمین و از بین بردن باطل ها و بدعت ها و آشکا شدن نشانه ها و آیات حق، حجت های روشن الهی بر مردم تمام می شود و دیگر جای هیچ عذری برای کفر و شرک باقی نخواهد ماند. در آن دوره، همه مردم مسلمان خواهند شد و آن زمان، کفر و شرک، مصداق روشن ظلم و تجاوز از حق خواهد بود که در حکومت عدل گستر مهدی عجل الله فرجه الشریف، هیچ جایی نخواهد داشت. آنچه در روایت امام حسن علیه السلام از قوا امیرالمومنین علیه السلام آمد، به روشنی بر این معنا دلالت دارد. امام صادق علیه السلام در ذیل آیه شریفه: «هُوَ الَّذِي أَرْسَلَ رَسُولَهُ بِالْهُدَى وَ دِينِ الْحَقِّ لِيُظْهِرَهُ عَلَى الدِّينِ کُلِّهِ..؛ او كسى است كه پيامبرش را با هدايت و دين درست ، فرستاد تا آن را بر هر چه دين است پيروز گرداند...» - ﴿التوبة، 33﴾ به مفضل فرمود: «ای مفضل! اگر پیامبر صلی الله علیه و آله و سلم بر همه دین ها غالب شده بود، از آتش پرستان و یهودیان و نصارا و ستاره پرستان و از تفرقه و نفاق و شرک و... اثری نبود. اینکه خداوند فرموده است: لِيُظْهِرَهُ عَلَى الدِّينِ کُلِّهِ..؛ مربوط به روز ظهور حضرت مهدی عجل الله تعالی فرجه الشریف است. » بحار الانوار – ج 53
نتیجه اینکه دسته اول آیات و روایات، مربوط به ابتدای ظهور و دسته دوم، مربوط به دور استواری حکومت عدل حضرت و آشکار شدن حق و حقیقت است. البته این قضاوت نمی تواند قطعی و نهایی باشد.